醫療凈化工程在初步建設完畢之后接下來的步驟（procedure)就是進行裝修設計，特別是高級別的手術室凈化對于室內裝飾有著非常嚴格的要求，使其在滿足功能要求的前提下，減少因材料和構造而產生或積聚的塵菌（fungus)，這對預防污染、降低（reduce)術后感染率是至關重要的。無菌手術室裝修不僅要求高度潔凈的空氣（進入手術室的空氣首先須經高效過濾器凈化），而且要求能控制氣流的流通方向（即采用層流超凈裝置），使氣流從潔凈度高的手術區域流向潔凈度低的區域，并帶走和排出氣流中的塵埃顆粒（塵粒）和細菌無菌手術室凈化一般多采用垂直層流式效果較好　層流手術室是一個"正壓"環境，其空氣壓力根據其不同區域（如手術間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區域等）潔凈度不同要求而不同。
手術室凈化地面裝修
由于地面的污染度比墻和吊頂要高得多，大量塵粒由于醫護人員在地板上的走動和各種設備的移動而產生，故地面裝修應引起設計人員的重視。無菌手術室凈化同級別的層流手術室其空氣潔凈度標準不同，例如國內標準I級層流手術室的標準為潔凈度5級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤100顆或每升空氣中≤3.5 顆。II級層流手術室的標準為潔凈度6級，每立方尺空氣中≥0.5μm的塵粒數，≤1000顆或每升空氣中≤35顆。地面裝修應做到平整、光滑、耐磨、耐侵蝕(酸、堿、藥)、易清潔。國內常采用現澆水磨石，取其光滑、耐磨、不起塵、防靜電(是一種處于靜止狀態的電荷)、易清洗之長，但不宜采用過氧(Oxygen)乙酸稀釋(dilute)液洗消，否則會與堿性的水泥（材料:粉狀水硬性無機膠凝材料)起反應導致麻面。
較高檔的地面裝修可選用橡膠(Rubber)、聚胺脂(polyurethane)涂料、樹脂類板材等，如在歐美、日本的許多醫療手術環境中，都采用了彈性塑膠(相關聯事物:塑料)卷材作地面材料。它最顯著的優點，就是少接縫(通常采用熱熔焊接進行卷材間的連接，焊條由與卷材相同的塑膠材料制成)，可避免污物及特殊結構:莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛的堆積，另外，它還具有耐污易潔、腳感舒適、花紋款式多樣、安裝及更換簡便等水磨石無法比擬的優點。
在垂直手術室凈化，如采用地面或地溝回風，回風部位面板應選用塊狀活動隔柵地板。地面不宜設地漏，否則應設高水封地漏，以防透氣污染潔凈室內空氣。
手術室凈化吊頂裝修
頂棚底面需布置與安裝高效過濾器(作用:過濾雜質等)送風口、照明燈具、煙感滅火器等，各種管線均需隱蔽在頂棚內，故頂棚部分是手術室凈化內部裝修的重點部位。頂棚以輕鋼龍骨及大塊面板材料做吊頂為宜，吊頂上風管等振動影響較多，故控制（control)振動脫落比控制（control)材料表面硬度（Hardness)更重要。吊頂罩面材料宜采用密封膠灌縫或壓條密封，使之形成整體，防止吊頂上部空間的灰塵通過縫隙污染潔凈手術室的氣流。
手術室凈化門窗裝修
在無窗的手術室凈化工程中，醫護人員及病患者因與外界完全隔絕，都容易產生抑郁、“被監禁”等不良感覺，不利于手術順利進行(尤其是時間較長的大型手術)。因而筆者認為，潔凈手術室可根據實際情況，適當設置窗戶，改善手術室內的環境氣氛，同時利于室外醫護人員及時了解手術情況，不必入內即可與室內人員進行溝通。
手術室凈化工程門位設置與氣流流向和手術床有很大關系，在水平層流手術室，門位設在下風向，在其他手術室，門設在病人腳的方向，可以防止進出人流對病人的影響。